邓坊自然村建于南宋时期，相传先有刘、涂、李、戴四姓人居住，原名鱼水尾村。
后四姓衰亡成为废村，继由邓祖德郎从沙县移居虞水头，从此人丁兴旺，不断繁衍。
后迁入村东辟村，以邓姓命村名。
此后又有许姓迁入。
清末民初时期，上杭有20余户迁入。
明清时期属泉上里为邓坊村，民国时期为邓钦保，属仲元乡。
1950年属第四区，1954年属泉上区委邓钦乡，1958年属湖村公社为邓坊大队，1966年改名红光大队，1974年复明邓坊大队，1984年属湖村乡为邓坊村。