清康熙年间（1662年至1722年），始置石船场，属重庆江北厅仁里三甲；清光绪三十三年（1907年），老鸹石场并入石船场。
民国二年（1913年），隶属江北县仁里。
民国十八年（1929年），置石船镇，先后隶属江北县第一区、二区、三区。
民国三十八年（1949年）9月，石船镇改为石船乡，属第二区。
1949年11月30日，属江北县二区。
1958年10月，石船乡与石龙乡合并为石船公社。
1983年5月，石船公社改设石船乡。
1991年9月，石船乡改设石船镇。
1994年1月，马鞍乡（石龙乡）、梅溪乡并入石船镇。
2007年12月，麻柳沱镇并入石船镇。