明初，三教镇境域属铜梁县羊燕里。
清康熙六十年（1721年），建三教场；嘉庆七年（1802年），属四川省川东道重庆府铜梁县上乡羊燕里楚十甲。
民国八年（1919年），建三教乡，属铜梁县第二区。
1950年1月1日，属铜梁县第六区（板桥）。
1953年春，三教乡析置玉峰乡。
1958年，三教乡建为三教公社。
1961年10月，三教公社划分为三教、玉峰2公社。
1983年，由三教公社改为三教乡。
1985年10月，由三教乡改为三教镇。
1992年9月，三教区、玉峰乡并入三教镇。