石柱之地，古为《禹贡》梁州之域。
西周、春秋时，属巴国“南极黔涪”领地。
战国时期，先后分属楚黔中地、秦黔中郡。
秦至东汉年间，以境内七曜山为界，分属巴郡、黔中郡和临江县（今重庆市忠县）、涪陵县（今重庆石彭水县）。
三国至十六国成（汉）时期，属涪陵郡涪陵县。
南北朝宋时，县地改属巴郡。
齐，属巴郡临江县。
梁，属临江郡。
北周，初属临江郡，武帝保定初（561）属临江地分置的南都郡源阳县。
建德四年（575），属南都郡源阳县改名的怀德郡武宁（今万州区武陵镇）。
隋朝时期，县地属临州武宁县。
唐武德二年（619）分浦州（今重庆市万州区）之武宁县西界地置南宾县，为石柱建县之始。
五代十国、前蜀、后蜀循唐制。
北宋至明洪武十四年（1381），循唐制，隶忠州。
南宋建炎三年（1129），置石砫安抚司，马定虎受封石砫安抚使，建立局势机构，节制九溪十八峒。
元初，在南宾县地设立为石砫军民府，后升为石砫宣抚司。
元末，明玉珍据蜀，建立夏政权，改为石砫安抚司。
明洪武八年（1375），置石砫宣抚司，隶重庆卫。
十四年（1381），撤销南宾县，改为南宾里。
嘉靖四十二年（1563），改隶夔州卫。
天启元年（1621），石砫女宣抚使秦良玉勤王有功，升石柱宣慰司，隶夔州府（今重庆市奉节县）。
清顺治十六年（1659），石柱宣慰司隶川东道夔州府。
乾隆二十二年（1757），改土归流，置石砫厅，仍隶夔州府。
二十六年（1761），升为石砫直隶厅，直隶四川省。
1913年，改为石砫县，隶川东道。
1935年，改隶四川省第八区行政督察专员公署，驻酉阳。
1948年，改隶四川省第九行政区督察专员公署，驻万县。
中华人民共和国成立后，于1950年正式成立石砫县人民政府，隶川东行署区涪陵专区。
1952年，隶四川省涪陵专区。
1959年，改为石柱县。
1984年，成立石柱土家族自治县，隶四川省涪陵地区。
1988年，改隶四川省黔江地区。
1997年6月18日，重庆恢复中央直辖市，随黔江地区改隶重庆。
2000年7月，直隶重庆市，沿用至今。