宋、元、明、清朝时期，均为酉阳土司管辖区。
清雍正十三年（1735年），“改土归流”后，属酉阳县上下里。
民国十七年（1928年），属北三乡。
民国二十四年（1935年），北三乡更名为灌河乡。
1951年夏，灌河乡析置水市乡。
1952年春，划归黔江县。
1953年2月，水市乡析置大山乡、茶园乡。
1956年4月，大山划入水市乡，茶园乡划入新安乡。
1958年10月1日，水市乡改建水市公社。
1983年10月，由水市公社改为水市乡。
2001年11月，杨柳乡并入水市乡。
2021年7月，撤销水市乡，设立水市镇。