明代属巴县德义乡含谷里。
清康熙四十六年（1707）属直里四甲。
民国初以含谷场为乡级政区。
1929年称含谷里。
1930年6月建含谷乡。
1935年改称含谷联保。
1940年与西永联保合建西谷乡。
1941年分设含谷乡、西永乡。
1951年12月称含谷乡。
1958年9月建含谷公社。
1959年2月改称含谷管理区。
1960年12月复称含谷公社。
1982年5月恢复含谷乡。
1993年12月撤含谷乡建含谷镇。
1995年3月从巴南区划入九龙坡区。
2001年11月并村后，地名自得名沿用至今。
2020年1月1日起，含谷镇全域被纳入重庆高新区直管园范围。