隋开皇十九年(599)，设霍邱县，属淮南郡。
唐初置蓼州，寻改寿州。
唐神功元年(697)，霍邱改为武昌县。
景云元年(710)，复为霍邱县，从此霍邱县名基本稳定不变，但隶属关系仍经常更迭。
五代十国属寿州。
北宋属淮南西路寿春府。
元代属河南江北行中(尚)书省(又称河南行省)安丰路总管府。
明代直隶南京凤阳府寿州。
清初属江南省(康熙年间成立安徽省)凤颍六泗道(道员驻凤阳府)。
1912年8月，属安徽省第四区（驻阜阳）。
1932年6月，县苏维埃代表会决议改霍邱县为红城县。
1949年，撤销霍固县，以原霍邱县区域恢复霍邱县。
1971年3月，六安专区改名六安地区，霍邱县仍属之。
2015年，设立六安市叶集区。
原霍邱县的叶集镇、三元镇、孙岗乡划归叶集区管辖。
2021年12月，撤销霍邱县临淮岗乡、冯瓴乡，设立临淮岗镇、冯瓴镇。