夏末商初，商王汤于境内建都，称亳。
周初，境内始称焦，周武王封神农氏后裔于焦，置焦国。
周景王十七年（前528）楚平王筑谯城改焦为谯，境内始称谯。
秦王政二十四年（前223）秦灭楚，在当地置谯县，隶泗水郡。
西汉至东汉，名称未变。
东汉建武十八年（42），豫州刺史治于谯县。
建安末年置谯郡，治于谯县。
魏黄初二年(221）改谯为都。
晋称谯国，都谯县。
东晋咸康四年(338）晋于谯县侨置陈留郡小黄县，自此谯县又称小黄县。
北魏正始四年(507），置南兖州，治小黄县。
北周大象元年(579），因当地古为商汤都城，改南兖州为亳州。
隋大业三年（607），改小黄县为谯县，一直沿用至元朝。
明，洪武初，废谯县，城父县，并入亳州。
洪武六年（1373），改亳州为亳县，隶凤阳府颍州。
弘治九年(1496），改亳县为亳州，隶凤阳府。
清代，当地一直称亳州。
1912年，亳州改为亳县。
新中国成立后，称亳县。
1986年3月国务院批准撤销亳县，建立亳州市（县级）。
1996年经国务院批准为省直管市。
1998年收归省直辖。
2000年6月组建地级亳州市，原亳州市整建制转化为谯城区。
2006年谯城区乡镇区划调整，区划调整后的谯城区辖3个街道、20个镇、2个乡。
地名沿用至今。